澎湖群島由六十四個島嶼組成，位於東經119度18’ 至119度42’，北緯23度9’至23度45’，土地面積共約127平方公里。澎湖地區的降雨量較少，年平均降雨量約1000公厘，表土層淺薄，保水力較差，屬乾旱生育地。在冬季，季風期長而且強勁，又挾攜鹽霧，尤屬逆境。夏季偶有帶雨甚少的颱風，除風折、風倒外，鹽滷附著在植物體上，傷害尤甚。
澎湖群島在旱害、風害、鹽害等的衝擊下，植物大多具備形態或生理上的適應能力，以維時水分收支之平衡及維持生機。長在高鹽分地的植物，葉子加厚或退化成肉質狀，或被覆著厚層毛狀物，單位面積內氣孔較少且較小，儲水組織發達，或具排鹽、耐鹽生理機制。這類植物如濱水菜、臺灣濱藜、裸花?蓬、鹽地鼠尾粟等。海邊沙地環境高溫、乾旱，沙粒易隨風移動，植物易被掩埋或根群暴露。長在沙地之植物多為多年生宿根性、蔓狀匍匐、葉加厚、葉表被臘質或茸毛、氣孔凹陷、根部發達、莖節易長不定根、以固定植物體及增加吸水功能，這類植物如馬鞍藤、濱豇豆、濱刀豆、濱刺麥、蔓荊、海沙菊、林投等。
澎湖之開拓較台灣本島約早四百年，經先民長期之薪材、建材、農耕、放牧等之需求，目前已無原生植群存在，僅在廟旁或軍營區偶見大樹頭之遺跡。澎湖原生植群之面貌已難推測，先民長期之開拓，或已使許多植物種消失。以西嶼為例，西嶼婦女所戴之斗笠造型特異，係竹片精編而成，或許早期西嶼即有原生竹林，只因長期過度利用而消失罷了。澎湖人口早已密集，薪材之需甚為迫切，當年除砍伐雜木外，連牛糞、地瓜藤，皆派上用場，草皮亦被刮除，此困境在近代電力、瓦斯普遍後才紓解。
經長期與外地往來接觸，已有許多種植物入侵澎湖並被馴化。當中數種尚大量拓殖成為優勢植物，諸如天人菊、銀合歡、仙人掌、蘆薈、猩猩草、大白花鬼針、布袋蓮等。這些植物何時引入澎湖已難加以稽考。天人菊分佈很廣，豔麗動人，這種野生菊花已被指定為縣花。以往耕牛較多，夜間尚需焚燒天人菊來驅蚊。在春夏兩季，澎湖最翠綠的植物應算是銀合歡，在電力、液化瓦斯未普遍前，銀合歡是十分重要的薪材。近年來，銀合歡因乾風及木蝨嚴重為害，枝幹被損，形成白木林景觀。蘆薈原存量甚多，近年因美容、藥用之需，已部份被採除。布袋蓮因近年水庫之興建才得以多量在水邊拓殖。
在澎湖的原生植物中，有少數是以澎湖命名而在他處罕見者，可算是澎湖代表植物，諸如澎湖決明、澎湖大豆、澎湖爵床及澎湖金午時花。另外台灣有些較為稀有的植物尚在澎湖可以發現，諸如白花馬鞍藤、苦檻藍、姬草海桐等。這些地區代表性植物或稀珍之植物，皆應加強保育。
澎湖之經濟作物以花生及地瓜為主，在咾咕牆擋風及井水的滋潤下，蜂巢田可生產多種蔬菜。攀附在石牆上的稜角絲瓜算是澎湖的招牌菜。長在牆邊之番石榴及釋迦風味亦佳。澎湖植物中多種可供藥用，台灣濱藜與香茹草農民已在田間栽培。
澎湖最常見的大樹是榕樹，大多留存於廟旁，以通樑大榕最為壯觀。榕樹已被指定為縣樹。澎湖地區為防風、綠化及美化，政府不斷地在進行造林工作種得最多的是木麻黃，因它易存活，易成林，但在多重逆境下它衰退早，且無法天然更新。像林投公園一帶，曾有高大茂密的木麻黃林，但早已為強風鹽霧損毀殆盡。特別一提的是早期澎湖也曾在青螺灣種植海茄苳紅樹林，且茂密成林，在冬季它是澎湖最綠的一片，惜因利之所趨，青螺灣紅樹林被砍除墾為魚塭，碩存在廟旁的一株海茄苳也在數年前被毀除。綠化工作目前再受重視，除加強防風籬、防風牆建造外、應採用混交造林技術，期使防風林得以安定永續。
