澎湖地區除了擁有得天獨厚的海上風光以外，海底世界亦富含一片美麗的珊瑚礁世界。馬公本島內海南端的青灣，為紗帽山以西至風櫃之間的天然灣澳，這座海灣是以珊瑚所構成的珊瑚礁生態系，造礁珊瑚平均覆蓋率高達60%-80%以上，珊瑚白化現象在此區最為輕微，構成澎湖內海最豐富的珊瑚礁生態系，因此成為種類繁多的魚類和無脊椎動物聚集棲息之處。
高覆蓋率的珊瑚綿延在這片蔚藍海域中，多樣特殊的造礁珊瑚交織出更為綺麗的珊瑚礁世界，此區最常見的造礁珊瑚，包含「角星珊瑚」、「棘杯珊瑚」、「波形靈芝珊瑚」、「正菊珊瑚」等，另外還有多變外型的美麗軸孔珊瑚、變異軸孔珊瑚與桌形軸孔珊瑚。此區域還發現兩種稀有珊瑚種類：「擬腎形真葉珊瑚和針狀表孔珊瑚」，這兩種珊瑚目前在台灣只出現在澎湖海域，然而它們卻在青灣生長的相當良好，並且繁衍成龐大的群體，形成罕見壯麗的奇景。
珊瑚淺坪：
青灣每月遇到大退潮時，那些生長在低潮線水域附近的珊瑚就會露出水面，如：角星珊瑚、針狀表孔珊瑚等，它們通常分枝緊密或聚集成團塊狀，因此在大退潮時，即可看見一大片幅員廣闊的珊瑚淺坪，美不勝收。
擬腎形真葉珊瑚：
為一種相當珍貴的珊瑚，外型一如其名，是一片一片小小腎臟形狀，顏色呈現淡綠色，相當小巧可愛，在全世界的分佈版圖中，原先只出現在菲律賓和巴布紐幾內亞，因此當調查顯示它們也出現澎湖青灣海域，並且綿延600多公尺的壯觀族群，為海洋生態重要的發現。
桌形軸孔珊瑚：
它成長速度很快，每年可生長10餘公分，群體分支伸展為桌形平面，再相互結合為堅實的板葉，巨大的群體直徑可達3公尺 以上，在青灣海域形成壯麗的景緻。